Chilli guajillo stosuje się głównie do nadawania potrawom głębokiego smaku i koloru. Przed użyciem suszone strąki papryki najczęściej się oczyszcza, usuwając nasiona oraz ogonki, a następnie moczy w ciepłej wodzie przez około 15-20 minut, aby zmiękły. Po namoczeniu paprykę można zmiksować na gładką pastę, która stanowi bazę do sosów, zup czy marynat. W kuchni meksykańskiej guajillo jest często używana do przygotowywania sals oraz tradycyjnych sosów mole, w których łączy się ją z innymi rodzajami chili, przyprawami, pomidorami oraz czosnkiem, tworząc bogaty i aromatyczny smak. Można także prażyć strąki na suchej patelni przez kilka sekund, co wydobywa ich naturalne olejki, wzmacniając smak i aromat. Po takim prażeniu paprykę dodaje się do wywarów, dań mięsnych, duszonych warzyw czy potrawek, aby nadać im charakterystyczne nuty owoców i lekko pikantny, dymny akcent. Chilli guajillo stosuje się również w formie zmielonej jako przyprawę, którą można posypać różne dania, wzbogacając je w ten sposób o dodatkowe warstwy smaku. Dzięki wszechstronności tej papryki, jest ona jednym z podstawowych składników wielu klasycznych meksykańskich przepisów, takich jak enchiladas, tamales czy adobo.